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Muchas infecciones de transmisión sexual son transmitidas más fácilmente a través de las membranas mucosas del pene, de la vulva y menos a menudo de la boca. La membrana visible que cubre el glande del pene es una membrana mucosa (similar a los labios de la boca), aunque no produce ningún moco. Las membranas mucosas se diferencian de la piel en que permiten ciertos patógenos (virus o bacterias) en el cuerpo.

Ésta es una de las razones por las que la probabilidad de transmitir muchas infecciones es mucho más alta en el sexo que por otros medios más ocasionales de transmisión, tales como el contacto no sexual, tocarse, abrazos, dar las manos, etc, pero no es la única razón. Aunque las membranas mucosas existan tanto en la boca como en los órganos genitales, para muchas ITS parece ser más fácil la transmisión a través de sexo oral que con besos profundos. Incluso muchas infecciones que son fácilmente transmitidas de la boca a los órganos genitales o de los órganos genitales a la boca, son mucho más difíciles de transmitir de una boca a otra con el VIH, los líquidos genitales suelen contener mucho más del patógeno que la saliva. Algunas infecciones etiquetadas como ITS pueden ser transmitidas por el contacto directo de la piel, el herpes simple y el virus del papiloma humano son ejemplos. Por su parte, el virus asociado al sarcoma de Kaposi puede ser transmitido por besos profundos pero también cuando la saliva se utiliza como lubricante sexual, algo común entre los hombres gay que tienen relaciones sexuales anales.

Dependiendo de la ITS, una persona todavía puede difundir la infección aunque no haya presentes signos de la enfermedad. Por ejemplo, es mucho más probable que una persona difunda la infección del herpes cuando las ampollas están presentes (ETS) que cuando están ausentes (ITS). Sin embargo, una persona puede difundir la infección del SIDA (ITS) en cualquier momento, incluso aunque no haya desarrollado síntomas.

Debe considerarse que todos los comportamientos sexuales que implican el contacto con otra persona o sus líquidos corporales contienen un cierto riesgo de transmisión enfermedades transmitidas sexualmente. La mayor parte de la atención se ha centrado en controlar el VIH, que causa SIDA, pero cada ETS presenta una situación diferente.

Las infecciones de transmisión sexual son transmitidas de una persona a otra por medio de ciertas actividades sexuales, no son causadas por esas actividades sexuales: las bacterias, los hongos, los protozoos o los virus siguen siendo los agentes causantes. No es posible contraer ninguna ETS por una actividad sexual con una persona que no tenga una enfermedad; a la inversa, una persona que tiene una ETS la adquirió por el contacto (sexual u otro) con alguien que la tenía, o con sus líquidos corporales. Algunas ETS tales como el VIH se pueden transmitir de madre a hijo durante embarazo o la lactancia.

Aunque la probabilidad de transmitir varias infecciones por distintas actividades sexuales varíe mucho, todas las actividades sexuales entre dos (o más) personas se deben considerar generalmente como una ruta de dos direcciones para la transmisión de las ETS.

Los profesionales de la salud sugieren un sexo seguro, tal como el uso de condones, como la manera más confiable de disminuir el riesgo de contraer infecciones de transmisión sexual durante la actividad sexual, pero el sexo seguro no debe ser considerado como una protección absoluta. La abstinencia de las actividades sexuales que involucran a otras personas protegerá contra la transmisión sexual de infecciones. La transferencia y la exposición a los líquidos corporales, tales como las transfusiones de sangre y otros productos de la sangre, compartiendo agujas de inyección (como en las drogas), lesiones con las agujas de inyección (cuando el personal médico se pincha inadvertidamente con agujas durante los procedimientos médicos), compartiendo agujas de tatuajes, y el parto, entre otros, son otras vías de transmisión. Estos diversos medios pusieron a ciertos grupos, tales como doctores, hemofílicos y consumidores de droga, particularmente en riesgo.

Los estudios epidemiológicos recientes han investigado las redes que son definidas por relaciones sexuales entre los individuos, y descubrieron que las características de las redes sexuales son cruciales a la extensión de las enfermedades de transmisión sexual. Particularmente, parece ser un factor importante, la mezcla asociativa (distributiva) entre la gente con una gran cantidad de parejas sexuales.

Puesto que las prostitutas son muy promiscuas, esta profesión sin el uso de las precauciones del sexo seguro se ha asociado a menudo con la extensión de infecciones de transmisión sexual. Sin embargo, las ITS pueden transmitirse en cualquier forma de relación sexual, así que es importante que todos los miembros de la comunidad que tengan relaciones sexuales usen precauciones, sin importar la naturaleza de sus relaciones.

Es posible ser un portador asintomático de infecciones de transmisión sexual. Particularmente, las infecciones de transmisión sexual en mujeres causan a menudo la seria condición de la enfermedad pélvica inflamatoria.